在体制机制创新方面，首先要重构监管制度。战略性新兴产业是以创新为导向的，要适应其发展，监管制度的重构非常重要。现行的监管制度是经济监管多而强，社会监管少而弱。因此，一方面要放松经济性管制，把准入的导向从注重经济规模转为激励创新上来，扶持新兴企业和中小企业的发展；另一方面，要以能源资源效率、环境保护、生产和产品安全三方面为准入条件，加强社会性监管。同时，要加强事中、事后监管。目前的监管是重前置性审批，甚至用前置性审批来替代事中和事后监管，前置性审批很严很严，一旦通过后就没人管了。前置性审批主要是看经济性，应该把经济性这块放松，社会性要求提高，构建起事前、事中、事后的全过程的社会性监管新体制。这种体制是以创新为导向、注重社会效益和环境效益的，有利于战略性新兴产业的发展。
冯飞指出，体制机制创新的第二个内容，是重点领域和关键行业的改革。第一，是三网融合方面，要尽快解决目前多头管理、相互掣肘的问题。第二，加快资源产品价格形成机制的改革，推动节能环保产业和新能源产业的发展；第三，环境监管和环境税费政策的改革。第四，在生物医药和医疗器械方面，要加快审批制度、定价制度和招投标制度的改革。
“在近现代发展史上，中国曾与前几次科技革命擦肩而过，十分可惜。战略性新兴产业这次机遇，中国很难得碰到了、赶上了，而且有能力抓住。”冯飞说，如果做得好，战略性新兴产业会成为我们推进经济结构调整、抢占国际经济技术制高点的有力抓手。
“同时我们也要看到，战略性新兴产业不仅是全新的产业发展方式变革，更是一个系统性的管理变革，很难立竿见影、立见成效。”冯飞强调说，对战略性新兴产业既要保持热情，还要有耐心，做好长远打算；同时，政策要保持连续性，不能猛踩油门、猛踩刹车、猛转方向
